Данный мини-сериал входит в эпопею о так называемом 'затянувшемся кризисе' ('Bubble Gum Crisis'). В центре повествования Токио будущего, восстановленное после разрушительного землетрясения киборгами корпорации 'Геном', внешне почти не отличающимися от людей. Этих киборгов кличут 'бумерами', они периодически сходят с ума и начинают уничтожать всё, что шевелится. Для нейтрализации перегоревших бумеров создаётся отряд спецполиции - вооруженных до зубов копов, призванных уничтожать взбесившихся роботочеловеков.

Коты - Самураи это истории о приключениях тройки неразлучных друзей, Спиди, Гуидо и Полли. Во главе с полковником Эл`Данте и их координатором Франсин они защищают Маленький Токио и его жителей от козней Сырной Головы и его приспешников, который насылает роботов чтобы победить и уничтожить котов - самураев, а также захватить власть в свои руки и свергнуть императора Фреда и его дочь, принцессу Вай, которая фактически и управляет Маленьким Токио после того как императору удалили "зуб мудрости" и он сошёл с ума и не говорит ничего кроме своего имени. Но наши храбрые герои не дадут спуску врагу, и всегда защитят город и его жителей от надвигающейся беды и всегда побеждают врагов, чтобы жизнь в Маленьком Токио была спокойной и безопасной. А в свободное от ратных дел время наши друзья работают в пиццерии.