Mass Effect: Paragon Lost является приквелом к игре Mass Effect 3. В центре сюжета - начало карьеры офицера Альянса Джеймса Веги. Джеймс приходит в элитный отряд спецназа Альянса в начале борьбы с таинственной угрозой, известной как Коллекционеры. Состоя на службе в отдалённой звёздной системе, Джеймс Вега и его напарники должны защитить граждан колонии от вторжения неизвестных, которые пытаются похитить людей.

Ради своего парня Сонокава Цубаса готова на любые жертвы. Однако, ведет она себя как типичный сталкер, из-за чего парень ее бросает. После этого подруга просит временно подменить ее на месте менеджера баскетбольного клуба. Там она встречает Хидаку Аки и узнает что в прошлом он помог ей когда девушка упала без сознания от анемии.

Детектив Фасс, работающий полицейским, занимается мелкими работами, зарабатывая только на проживание. Однажды, Мими, дочь Янко - Господина города, обратилась к нему за помощью найти пропавшую любимую утку своего папы - Сашу. Фасс разочарован. Однако, награда - золотые монеты заставляет Фасса и его помощника Додо взяться за раскрытие этого преступления. Когда Фасс уже близок к разгадке и долгожданной популярности детектива, собираясь взять преступника, которым оказался охранник утки, он узнает кое-что новое о Мими. Дело в том, что Мими очень ревнует своего отца Янко - господин города из-за его большой любви к утке Саше, которая может нести золотые яйца. И, скорее всего, она сама попросила украсть эту утку, а потом найти ее для папы.