Комета, пролетающая недалеко от Земли, внезапно меняет курс своего движения и устремляется к Земле. Ученые прибывают в состоянии растерянности, как комета могла так резко изменить свой курс? На планете начинается паника, всевозможные «оракулы» кричат о скором конце света. Однако, комета не сталкивается с Землей. Подлетев к планете, она замедляет свою скорость и приземляется на озеро. Оказывается, что на самом деле, это не комета, а корабль инопланетян, решившись посетить Землю. Чего же ждать от них землянам?

Малькольм Рейнольдс – капитан маленького космического корабля. В недавно закончившейся гражданской войне он сражался на стороне тех, кому было суждено проиграть. Теперь он зарабатывает себе на жизнь перевозкой различных грузов и мелкими преступлениями, которые пока что легко сходят ему с рук. Его разношерстная команда любит своего везучего капитана, ведь если бы ни он, они давно бы оказались в тюрьме или просто умерли с голоду. Когда у капитана начинаются настоящие проблемы, его экипаж становится единственными людьми, которым он может доверять.

В 9784 году по летоисчислению Содружества, ницшеанцы подняли восстание против Содружества Систем, стремясь избавиться от контроля и установить собственный порядок. Началась война, исход которой должен был изменить весь мир. Дабы не допустить победы врага, навстречу их флоту был направлен крейсер Звёздной Гвардии Содружества «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта.

События этого захватывающего фантастико–приключенческого сериала происходят в недалёком будущем. К середине 21 века человечество окончательно освоит океан и колонизирует его. Даже в самых глубоких океанских впадинах появятся шахты, заводы и предприятия. Для поддержания правопорядка в подводном пространстве будет создана Организация Объединенных Океанов Земли и экспериментальная боевая субмарина «SeaQuest». На её борту находятся ученые, занимающиеся изучением океанского дна и подводных вулканов, а также военные, которые могут оказать помощь в экстремальных ситуациях и дать отпор многочисленным врагам, мечтающим уничтожить «SeaQuest».

Фокс Малдер убежден, что мы не одни разумные существа во вселенной. Эта уверенность появилась у него после того, как инопланетяне похитили его сестру. Дана Скалли, напротив, скептически относится к такого рода заявлениям. Начав работать вместе, эти два опытных агента ФБР специализируются на делах под грифом «Секретно». Их разные взгляды на паранормальные явления рождают интересные споры и дискуссии, что немало способствует приближению к разгадке необъяснимых событий. Постепенно, повидав наяву страшных мутантов, привидений или людей со сверхъестественными способностями, агент Скалли склонна согласится со странными убеждениями Малдера.

Действие сериала происходит во второй половине 23 века (2264—2269 гг.) и повествует о пятилетней научно-исследовательской миссии звездолёта Объединённой Федерации Планет «USS Энтерпрайз NCC-1701» под командованием капитана Кирка.