Долгое время черепашки-ниндзя скрывались от людей в лабиринтах городской канализации. На протяжении нескольких лет учитель Сплинтер обучал их боевым искусствам и прививал им чувство справедливости. В один прекрасный момент им пришлось подняться наверх, чтобы спасти Нью-Йорк от Шредера, предводителя Клана Футов, захватившего власть в Нью-Йорке. Вместе с отважным репортером Эйприл и ее оператором Верном, бесстрашные воины смогли одержать победу и очистить любимый город от преступности. Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло нашли свое предназначение в этом мире и стали защитниками своего города. Они навели порядок в Нью-Йорке и с чистой совестью могли отправиться на покой, но однажды им вновь пришлось столкнуться с могущественным врагом, угрожающим их городу.

Вселенная была создана путём соединения в общую сюжетную линию нескольких фильмов с актёрами и персонажами. Уже вышло десять таких фильмов с соединением сюжета, но с разными героями, которые иногда пересекаются между собой. В каждом из фильмов есть отсылка к другому, что в итоге объединяет их в одну вселенную. Все остальные фильмы, основанные на комиксах Marvel, никак не связаны с этой серией, поскольку они сняты другими компаниями и не имеют общей сюжетной линии между собой, хотя все эти герои из одной вымышленной вселенной в комиксах.