Похожие люди тянутся друг к другу, просто кому-то везет, а кому-то нет. 18-летней Цукими Курасите повезло – талантливая художница, но чересчур скромное и зажатое создание, да еще поклонница медуз, приехала покорять Токио не на пустое место, а в доходный «Дом дождевых вод», где живут исключительно чудачки и отаку женского пола. И неважно, знаток ты поездов или фанатка Троецарствия – все постояльцы уважительно относятся к соседкам и их увлечениям, чувствуя духовное родство, которое объединяет их, защищает и, увы… отделяет от остального мира, где живут правильные, модные, хорошо одетые мужчины и женщины. Не зря жители «Дома» зовут свою скромную обитель «монастырем», а себя «монашками».

Продолжение повествования. События разворачиваются спустя два года после происходившего в фильме Небесный Фафнир: Мёртвый Агрессор - Рай и Земля. Сюжет рассказывал о смертельном противостоянии инопланетных чудовищ, известных как «Фестумы» и остатков человечества Земли. При этом главным козырем выживших землян как всегда выступали гигантские боевые роботы, пилотируемые подростками с особыми ментальными способностями.

17-летний Кётаро Какэй искренне верит, что несовершенство мира можно победить, если не грешить самому и познать все на свете. Именно для этого он учится в огромной академии Сиоми, где собираются юные таланты со всей Японии. А вот ровесница Какэя, скромная и застенчивая Цугуми Сирасаки, считает, что достичь счастья можно, лишь помогая другим, пускай придется ломать собственный характер. Такие интересные ребята не могли не встретиться – ведь Судьба существует, а помогают ей таинственные Пастыри, что, по легендам, базируются где-то в библиотеке академии. Пастыри не правят людьми, а дают советы, которым, однако, лучше следовать. На дворе – новое время, и общаются они с избранниками как через старомодные видения, так и путем современной электронной почты. В общем, начинания главных героев, собравших своих друзей в новый библиотечный клуб, были поддержаны свыше. С такими покровителями не страшна даже президент Совета Махо Мотидзуки, у которой, похоже, свои виды на красавчика Кётаро. Одно другому не мешает, главное – не потерять чудесную закладку, что когда-то вручил Какэю незнакомец в шляпе!